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焦磷酸测序

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焦磷酸测序

  • 所属分类:焦磷酸测序

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  • 发布日期:2016/07/01
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详细介绍

焦磷酸测序

焦磷酸测序——独特的定量序列分析技术
基于定量结果对基因表达谱复杂的DNA修饰情况进行分析。焦磷酸测序是针对序列的检测技术,能够快速精确地对序列变异进行定量。简化的操作步骤、分析的灵活性和理想的输出数据使焦磷酸测序技术成为一种高度适用于广泛的学科研究的工具。
焦磷酸测序原理
步骤1
扩增DNA片段并对焦磷酸模板链进行生物素化。通过变性,分离生物素化的单链PCR扩增子并使其与一条测序引物进行杂交。 

步骤2 
将杂交引物和单链模板与DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、荧光素酶和腺苷三磷酸双磷酸酶,以及底物腺苷-5'-磷酸硫酸酐(APS)和荧光素共孵育。

步骤3 
第一个脱氧核苷酸三磷酸(dNTP)被引入反应。DNA聚合酶催化dNTP,使其在互补模板链的情况下对测序引物进行延伸。每个核苷酸的添加都对应着等摩尔数焦磷酸(PPi)的释放。

步骤4 
ATP硫酸化酶在腺苷-5'-磷酸硫酸酐(APS)存在的情况下将PPi转化为ATP。生成的ATP为荧光素酶介导的荧光素氧化反应提供能量,并生成与ATP的数量成比例的可见光。电荷耦合器(CCD)摄像头检测到荧光素酶催化反应所生成的光,并将其作为原始输出数据中的一个峰值(热解图Pyrogram)。每个峰值(光信号)的高度与核苷酸结合的数目呈比例关系。

步骤5 
腺苷三磷酸双磷酸酶是核苷酸的降解酶,持续地对未结合的核苷酸和ATP进行分解。当分解完成时,便会引入另一个核苷酸。

步骤6
dNTP的添加反应在持续进行着。应注意脱氧腺苷三磷酸α-硫代三磷酸(dATPαS)能够作者为天然脱氧腺苷三磷酸(dATP)的替代物,被DNA聚合酶有效利用,却并不会被荧光素酶所识别。当反应进行时,逐渐合成了互补的DNA链,其核苷酸序列能够凭借热解图(Pyrogram)轨迹中的信号峰值来确定。

PyroMark各仪器的对比

PyroMark Q24 AdvancedPyroMark Q24PyroMark Q96 ID
主要应用复杂突变分析
表观遗传学(CpG and CpN分析)
抗性分析和微生物鉴定 
突变分析
抗性分析
突变分析
表观遗传学
抗性分析和微生物鉴定
铜梁1–24个样本1–24个样本1–96个样本
运行体积25 µl25 µl40 µl
PCR要求5–10 µl
(~0.5–3 pmol of product)
5–10 µl
(~0.5–3 pmol of product)
20–40 μl
(2–4 pmol of product)
最大读长10–140* bp以上10–80* bp10–80* bp
应用软件PyroMark Q24 Advanced SW(需要firmware 1.5.6903或更高版本)PyroMark Q24 SW 2.0PyroMark Q96 SW
软件功能SEQ (de novo sequencing)
CpG/CpN methylation
SNP
AQ
SQA (de novosequencing) 
CpG methylation
AQ/SNP 
SQA (de novosequencing) 
CpG methylation
SNP 
AQ
兼容试剂PyroMark Q24 Advanced Reagents 
PyroMark Q24 Advanced CpG Reagents
PyroMark Q24 Gold ReagentsPyroMark Gold Q96 Reagents
灵敏度2%突变
98% wt
2%突变 
98% wt
2%突变
98% wt


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